Комитет против пыток был основан в 2000 году несколькими правозащитниками, в том числе, нынешним руководителем организации Игорем Каляпиным, как правозащитная организация, задачей которой стало осуществление общественного контроля за ситуацией, связанной с проблемой распространения практики применения пыток и жестокого обращения со стороны правоохранителей в России и оказания профессиональной юридической и медицинской помощи жертвам пыток.
Штаб-квартира Комитета находится в Нижнем Новгороде, представительства действуют в Чеченской Республике, Республике Марий Эл, Республике Башкортостан и Оренбургской области.